我的承包地村出面征用两年为风力发电修路,在农田里还铺石头,只赔偿青苗费这样合理吗?

这样的情况不合理。根据《民法通则》第九十四条：“被征用的土地、林木、草原的所有权人有权利获得合理赔偿。”由于您的农田内铺石头损害了您的经济利益，因此您有权到政府要求进行合理赔偿，而不仅仅是青苗费。