员工月底入职支付了半月工资是否算进基数

公司有一位员工，入职时是月底，当月支付了半个月的工资也申报了个税，但是在7月计算更新的基数时，入职这个月的工资是按照合同工资（全月工资）计算还是按照实际支付的半个月工资来计算呢？如果按照半个月的工资可能会拉低全年的平均工资水平。