我想问的是要是拿我的户头去贷款,但是款项不是给我用,而是担保人用,完了我和担保人之间是不是应该有个协议?

是的,别忘记到公证处公证阿

的确应该有协议,而且最好是请专业人士来帮你拟定合同。并注明相关的责任和义务。当然能做公正最好,因为一旦产生纠纷,虽然公正不能立即处理,但是公证书却可以作为法院或仲裁机构直接取证的证据,可以大大简短法律手续。