小产权房房主的认定

你好,我的爷爷是农村户口,在世时在农村有一套房子,去世后,我爸继承了这套房子,而我爸是城市户口,现在国家要统一对农村房屋进行办理房产证,而因为我爸是城市户口.就不予以登记,想咨询一下,像我们家这种情况不予以登记对吗?师。