没有经过政府部门许可擅自改造房屋会有什么后果

2010年夏天对自家宅基地房屋进行了改造,与今年9月底改造成一栋三层的楼,在改造同时一直在向当地政府办理改造许可,但政府迟迟未有通知,11月份区规划局下达通知,因改造房屋没有政府的许可,责令限期对房屋进行恢复原貌。我想知道这样会有什么后果? 急需答案以及办法,谢谢 谢谢!