申请宅基地时也有人没有签字(只有一户没签,但宅基地使用证明有没有违法?要是投诉该找哪个部门?

农村耕田建房没有跟集体签合同,是私对私换的田,申请宅基地时也有人没有签字(只有一户没签,但是他是集体田册中的甲方,如同法人)。但宅基地使用证明还是申请到了,现在正在建,请问这种情况有没有违法?要是投诉该找哪个部门?投诉最坏的结果会怎样?