购房合同中规定天台使用权归顶层住房使用受法律保护吗？

不属于你一家，因为其他用户在购房时，也分探这个使用面积。

当然受保护，但该权利未经登记公示手续的话，不能对抗第三人，只是业主对开发商的一种债权，是相对权而非绝对权。如果开发商与其他业主约定其也对同一天台有使用权，那么你可以要求开发商承担违约责任。