国土所有权利扣押房产证吗?国土所所长叫把房产证先放在那里,我应该怎么办?

你好,我想请问一下,国土所有权利扣押房产证吗?我们老家在搞土地复垦,因面积与实际不符,国土所所长叫把房产证先放在那里,想复垦的时候再去找他,现在去找他复垦却说房子不合规。我应该怎么办?