我朋友用我的名字注册了家公司,法人写的我。并且申请了毕业生贴

你好,协议可以签,但是只对你们双方之间有约束力,是没有对外效力的。例如贷款合同,谁是借款人,银行还是找他要求还款,贷款合同下的责任,也是该人承担的。这个你要注意。协议的话,要根据具体情况确定,如有需要,可委托律师来拟定。