这样的房屋算不算违建

我是江苏南京人,农村常住人口,十几年前申领了二层楼房土地规划使用许可证,但当时因经济原因只建了一层,直至今年才建了第二层;最近我们地方政府正搞拆违活动,他们把我新建部分定为违建,责令限期拆除(我建完后政府才下的停建通知)。请问这种判法是否合理?我怎样维权?