我是大学在校生,由于学校创办一个特殊培训班叫:“双元制”当初

我是大学在校生,由于学校创办一个特殊培训班叫:“双元制”当初学校称免费培养,我只签过申请书进入双元制学习并签约公司,即企业与学校合作,学生在校培训三年,三年内必须签约公司,公司则支付这一学生的培养费,一年大约1万,如今因为想专转本,我要推出双元制,牵扯到诚信档案问题,学校也要求赔偿,称:不赔偿就写入诚信档案,学校做法合法吗?