我爱人在一家物业公司当会计兼出纳,记账方法很不正规,也从来没有查过帐,

我爱人在一家物业公司当会计兼出纳,记账方法很不正规,也从来没有查过帐,但2015年7月份左右发现公司收不抵支了,于是怀疑我爱人拿了公司的钱,后经查对发现漏记有二三十万,但仍然不能完全对上,于是老板让她对出现的问题负责,我爱人胆小怕事,偷偷借钱还帐,但坚信是帐错了,没有拿公司一分钱,请问,没有拿公司钱但帐查不清楚怎么办?