对方公司已我公司名义和资质进行投标,中标后对方负责采购和安装、施工等具

对外不能对抗第三人

等于说对方挂靠你公司承包项目。你们后面签订的合作协议是没问题的,但只对你们双方产生约束力,对于你们以外的其他人不产生效力,他人依然有权根据中标合同等以你公司名义签订的协议要求你公司承担责任。具体可以电话免费咨询。