建设方认为承建方的主体工程不合格怎么处理?

某建筑工程(厂房)经五家单位验收合格交付使用中，建设方认为主体工程不合格，单方委托某(外省的)房屋质量检测机构进行检测，结果建设方认为不合格，起诉到法院并要求法院重新委托检测机构进行检测。请问，是法院直接受理委托重新检测还是由当地建设行政主管部门组织相关部门重新检测交法院？因这当中又涉及验收时建设行政主管部门已参加了的。