东莞的契税到底是如何收的?

我于2011年12月27号签的购房合同，房子的面积不够九十平方，首套房，当时交的是3%的契税，退了2%，等于实交1%现在办房产证，房管局卡壳了，需要我们补交2%才行，说我们当时的房价（包装修）超过五千三，请问当时退的时候又是依照什么政策？现在要我们补交又是什么原因？谁知道的请告诉我一下，谢谢