下面三层是商铺，上面的住宅的房子可以办工商执照吗？

这要看当地工商部门的规定，很多城市还不是很限制。已经有城市规定在居民房中开办公司，签订房屋租赁合同，必须征得左邻右舍或本单元居民的书面签字同意。