房屋份额互换个人所得税缴纳问题?

因房屋拆迁，姐妹俩各分得130平方米商品房一套，因前期还不清楚是哪两套房子，所以前期与指挥部签订的合同、发票都是两个人的名字。办理房产证时，房管局说需先办理两人按份共有房产证，再办理房产调换，但办理房产调换时需全额缴纳个人所得税，这是否合理？