办理了在建工程抵押的房子完工后能否办理产权证??

可以的。而且，当在建工程的建设施工完成后，银行作为抵押权人也会及时要求、督促抵押人进行竣工验收、办理房屋所有权证和他项权证。只有将在建工程抵押的预告登记（备案登记）变成一般房地产抵押的他项权利登记后，抵押权人的担保权利才能得到法律的最终确认和保护。