合资建房,能否分开办理不动产证

现在两家亲戚合资建房,92年的房产证,是亲戚家的个人名字,已签一份合资建房协议,建设楼层4层半,我们家只要一层,后期想换不动产登记证,请问不动产登记证能按照楼层划分出两个证?如果不能分两个证,我的协议中应该写到如果遇到拆迁征地,按照所占有楼层的面积比例或者整栋楼出资的比例划分赔偿。