居民是土地使用者

我父亲是北京人，在昌平农村买了买了一套房子，房子是原先的房东欠大队贷款，所以大队把房子进行拍卖了。我父亲跟大队签了协议得到房子，然后在1993年的土地使用证写上了他的名字（他是居民),我母亲是农民那时他们已经结婚。现在原来的房主要来告我们要回房子，说我爸的土地使用证不合法，居民不应该有，我想问下，这个该怎么办。