单位建房时买的房房产证怎样办理?

1999年单位开发建楼时，我买了一楼两间门市楼，购楼款是在初建时全部交齐的。但房产证一直没办理。现在想办房产证，房管局要交很多交易税，评估费等。请问我该怎麽办？应该交吗？房子已超过十年，有什麽说法吗？