恶意扣押公积金申报材料,导致无法向开发商付房款,违约后,公积金中心有责任吗

如果你说的属实，理论上可以。但你有证据证明是他们的问题吗，真打官司他们会找出无数个理由来，而且在今后的办理中也会找你麻烦。你可以和开发商协商，这不是你的问题，能不能不交违约金。除非万不得已，建议不要找公积金中心的麻烦。